这一年的下半年, 罗马不太安定。
先是秋天接连下了半个月的大雨，以至于罗马城内开始内涝。凡娜莎搬到城外的葡萄园暂住，露克蕾莎则带着戈弗雷在奇维塔韦基亚城堡常住。至于切萨雷, 他得跟教皇一起留在罗马。
雨势极大, 电闪雷鸣，有一天, 一道闪电恰好劈中亚历山大六世在教皇宫的卧室, 当时教皇正要就寝，两名仆人在伺候圣父。闪电导致教皇和两名仆人全都倒地，一度失去说话能力, 幸而白天教皇便恢复了健康。
事后，列奥纳多·达·芬奇被召唤到教皇宫, 设计了整个梵蒂冈的避雷针系统。
亚历山大六世巡视了两次罗马城, 慰问了一些受灾群众, 慷慨的许诺将在春天重新疏通沟渠，并承诺要大力整顿城市卫生，分片治理城市卫生, 不允许当街倾倒排泄物——没有及时排到台伯河的雨水沉积在街道上, 沟渠堵塞，排泄物反涌, 就算是冬天，罗马城也臭不可闻。
雨水几天后退下去，留下一地的死老鼠。
接着入冬之后, 罗马城里爆发了新的疫病, 主要还是黑死病。据说是从西班牙被赶出来、逃到意大利的犹太人带来的。
作为教皇, 亚历山大六世并不歧视犹太人——也因此他被那些对他不满的敌人污蔑为“犹太杂种”——罗马城对犹太人敞开大门, 但有趣的是, 必须交足够的“入门费”才能进城，成百上千的犹太人只能在亚壁古道上搭建帐篷居住，卫生情况堪忧。
疫病在雨后很快爆发，从深秋到年底，罗马城里死了上千人，就连枢机主教都有几个中招，在短短一个月里接连死了三名枢机主教。
教皇不得不将教廷整个迁往维泰博，这是11月底之前的事情。
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教皇现在不差钱。
死了的枢机主教才是最好的枢机主教，按照教廷的规定，主教们死后财产全部归教廷所有。被称为“教会王子”的枢机主教们全都身家不菲，枢机主教的财产平均每人有100万之巨，他们死的太突然，也没有来得及留下遗嘱，除了大概20%-30%的现金存款不知道存在何处，三名枢机主教一共为教廷捐赠了200万达克特的财产，其中一半是不动产。
财产到手，教皇爸爸又给胡安送去了10万达克特的现金，还写信给儿子，殷殷期盼儿子早生贵子，要他对玛丽娅公主好一点。胡安刚结婚那两个月，教皇在西班牙的代理人写信回来，说甘迪亚公爵整天不着家，还虐待妻子。
但据玛丽娅公主写给露克蕾莎的信来看，肉|体虐待是没有的，胡安没这么不讲究；精神虐待还是有不少的，比如冷暴力之类。所以露克蕾莎痛快出卖了哥哥，请玛丽娅公主不要客气，该收拾的时候就要收拾。
教皇爸爸又给了切萨雷几个修道院，给了戈弗雷两个葡萄园，给了露克蕾莎10万达克特，外加几个橄榄种植园和葡萄园。
露克蕾莎转手送了一座葡萄园给达·芬奇大师。
列奥纳多在罗马待着相当快乐。
波吉亚花钱特别大方，从不拖欠报酬。什么都想到他，他的工作根本做不完，以至于必须写信邀请米兰的朋友来罗马帮忙。他跟尊贵的小姐说了这事，小姐特别豪迈，请他尽管邀请朋友，一个不够，一打也不嫌多，波吉亚家没什么别的长处，就是特别会花钱。
不差钱的大师也动力十足。
他相继完成了圣天使堡的防御工程、奇维塔韦基亚城堡的防御工程（图纸）、梵蒂冈的防御工程（图纸）；为教皇宫波吉亚房间的露克蕾莎房间打好了壁画底稿，又为圣天使堡宴会厅的壁画《最后的晚餐》做了详尽的设计稿，得到了小姐和教皇的双重肯定；
为波吉亚卫队设计了5种尺寸的加农炮，小姐要求设计图纸严格保密，就连他的弟子也不能泄露，必须分别绘制各个零件的图纸，分配到不同的工坊订做；
又开始为罗马设计加强防御工程，他按照奇维塔韦基亚城堡的防御工程，准备在城墙合适的地方加盖棱堡，预计将花费至少5年的时间才能建成。
平图里乔这个后辈似乎有点跟他别苗头，平图里乔先选择了《辩论中的圣凯瑟琳》这个主题，将教皇钟爱的女儿露克蕾莎当做圣凯瑟琳的模特；而列奥纳多则选择了《年轻的圣母》这个题材，他很喜欢圣母形象，曾经画过多幅圣母与圣子的宗教主题画，全都大受赞赏。
他打好底稿之后，平图里乔假装不经意的来观摩了几次，但很纠结，没有发表意见。
圣天使堡也以平图里乔为主，列奥纳多只承接了宴会厅和小姐的房间，所以平图里乔也没什么好抱怨的，这只能说明小姐特别喜欢利奥纳多的风格，而教皇本人更中意平图里乔。
平图里乔的妒忌之意从他放任学徒损坏列奥纳多的颜料可以一窥，之后列奥纳多便命令学徒们每次都要收好颜料带走。
这点小事不用告诉小姐。
这次雷劈教皇宫，列奥纳多又得到了避雷针的订单。世上本没有“避雷针”这种东西，但小姐一说明，他就听懂了，为此跑到罗马之外正在下雨的村庄和田野里做了引雷试验，差点被劈熟了。
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切萨雷雷打不动每隔一天就从维泰博跑去奇维塔韦基亚城堡，他有点担心妹妹和弟弟没有监护人，露克蕾莎坚决拒绝了圣父想要阿德里亚娜过来暂住的建议。不过看来，没有父母监管的露克蕾莎和戈弗雷都很快乐，他也没必要非得给他俩找个保姆。
安全问题是现在最不需要考虑的事情，马木留克忠心耿耿，城堡内外安全防卫都做的很好。