此时九尾仍然袭击木叶，水门以飞雷神之术将自己和九尾带离木叶村，同时将玖辛奈和鸣人带至现场。水门认为“面具男”将来一定会给忍界带来腥风血雨，为了阻止他，水门决定让鸣人成为九尾人柱力。水门将九尾的阴属性查克拉以尸鬼封尽和自己一同封印在死神体内，阳属性查克拉则以八卦封印封印到刚出生的鸣人体内，同时把自己和玖辛奈残余的查克拉一同封印入鸣人体内。在对鸣人留下最后的遗言后，水门和玖辛奈便双双去世。
佩恩之战的时候，被仇恨驱使的鸣人即将撕下九尾的封印，这时水门出现在鸣人的精神世界及时阻止鸣人撕下封印，并告诉了鸣人自己是鸣人的父亲。鸣人向水门诉说这些年的辛酸，而水门只能对鸣人怀着歉意：“想以父亲的身份道歉也不够资格吧。”此后，水门将其让鸣人成为九尾人柱力的原因以及十六年前“面具男”控制九尾袭击木叶的真相告诉了鸣人，并解除了鸣人对于忍界和平的疑惑，指引鸣人要自己去寻找答案。水门修复封印后，因查克拉用尽而消失。
在第四次忍界大战中，大蛇丸获取漩涡一族收纳堂的死神面具，切开腹部释放了被死神吞掉的灵魂，恢复了双手，利用佐助体内的四个白绝分身作为活体祭品，以秽土转生的形式复活了历代火影，水门奔赴战场后，与其他三位火影联合发动四赤阳阵封住十尾；而此时的十尾释放出一颗尾兽玉，企图破坏结界，水门已提高警惕做好准备，成功防御了十尾的尾兽玉攻击，使十尾自食苦果。随后水门高兴的笑了，因为他没想到自己能再次看到新三忍。随后水门评价佐助与鸣人的忍术像风车似的手里剑，外加比漆的色泽更黑暗的箭矢。于是水门将它命名为灼遁·光临疾风漆黑矢零式，随后水门高兴的笑着。
此时带土已被斑的查克拉操控，初代火影与二代火影因需维持结界来不及赶到带土那边，于是兄弟二人打算靠分身前去阻止斑操控带土使用轮回转世术，紧接着，水门使用影分身通过带土身上的飞雷神术式来到带土的面前，使用三叉式苦无砍伤带土，残留的标记让水门认出带土就是当年操控九尾袭击木叶的面具男。斑的轮回天生发动也因此失败，随后二代火影详细解说了水门这是事先就在带土身上做了标记。
此时带土使用六道十尾柩印将十尾吸收在自己的体内，形成球体状，紧接着球体破碎。带土成功变成十尾人柱力，打破了柱间的明神门，利用背后红色的火焰形成的手扯碎了四赤阳阵。随后水门观赏了第二代火影发明的互乘起爆符，感叹二代火影大人的出手速度之快，因为三代火影清楚二代火影这招的威力，所以告诫水门快跑。为了分析带土的出招和能力，水门使用三叉式苦无独自一人对抗十尾人柱力模式的宇智波带土，不幸被带土使用求道玉打断右臂，并且无法恢复，随后水门自认为使用飞雷神术逃脱了求道玉球体的追踪，然而，求道玉球体也紧紧跟着水门。在千钧一发之际，第二代火影利用影分身使用飞雷神之术转移十尾人柱力宇智波带土的求道玉，随后连同求道玉以及带土一起转移到了远处。营救了困境中的水门、漩涡鸣人、宇智波佐助，避免了不必要的损失。
之后水门与二代火影使用飞雷神互瞬回旋术配合灼遁·光轮疾风漆黑矢零式击中带土，但被带土使用阴阳遁将其无效化。而后，水门因对带土所说的相当于忍者始祖的力量感到不解而询问二代火影大人，二代火影凭借自己生前的战斗经验冷静的分析出带土的能力是以阴阳遁为基础的术，能够将所有忍术无效，也就是说即使是秽土转生的身体，只要中招，也会因为无法转生而死亡。并告诫水门不能再受伤了，水门也因此变得更加谨慎的战斗。
接着第二代火影与鸣人察觉到了带土不能化解仙术的弱点，之后第二代火影以飞雷神之术配合鸣人的仙术螺旋丸瞬间移动至带土的身后对其造成伤害。望着空中的鸣人，水门对鸣人连自来也老师的仙术都学会了表示感叹。紧接着带土在地面上制造出神树并同时释放出四颗尾兽玉，第二代火影原本打算与水门使用飞雷神术一人转走一个，但因考虑到即使转走了两个，但剩余两个尾兽玉却无法转移的问题而尝试别的办法，初代火影告诉大家不用担心，只要改变尾兽玉的运行轨道就可以，到时候四位火影会想办法把它们打到海上，并拜托大家制造土遁之壁，自己用树界降诞将尾兽玉引导向大海，然而柱间的想法立即被带土彻底打消，带土使用六赤阳阵封将忍者联军封锁在结界里，之后二代火影意识到只能用飞雷神术把尾兽玉转移到结界外部去了，随后二代火影询问水门能否同时转移两个，然而四代火影的飞雷神在无法标记的情况下，一个已经是极限，所以水门尝试别的办法。随后水门打算将尾兽玉连同树一起转移到结界外部去，然而这一想法却被带土嘲笑，在紧要关头，鸣人提出了一个主意，水门与鸣人碰拳使自己的查克拉与鸣人的查克拉进行接触，从而使自己的查克拉与鸣人留在忍者联军神树的查克拉连接了起来，因为忍者联军身上附有鸣人和九喇嘛的查克拉，所以使水门成功将忍者联军所有人转移到了结界外部，随后第二代火影也详细解说了这是利用了影分身的原理，即便自身的查克拉分散四处，只要有哪怕微量的查克拉残余，当本体为控制查克拉再次开始凝练时，分散的查克拉便会产生共鸣而联动。
紧接着水门与鸣人开启九尾尾兽化，在第二代火影使用飞雷神术的帮助下，瞬间转移至带土的身后，使用螺旋丸成功击中带土，但被带土使用阴阳遁抵挡。因此与带土打了平手。
此时的带土已经发动无限月读，神树的根茎疯狂地生长乱窜，所到之处忍者联军的查克拉都被吸走，由于神树分裂体的树藤消耗了水门太多的查克拉，因此使水门无法拯救鸣人，只能眼看着鸣人即将被神树分裂体的树藤吸尽查克拉。随后水门通过第二代火影的飞雷神术来到忍者联军的战场。
为了能够打败带土，他将自己的阴性九尾查克拉模式的部分力量传输给鸣人。水门为了拯救鸣人的性命打算将自身的阴九尾查克拉传输给鸣人，却在传输的途中被黑绝将阴性九尾查克拉吸收，随后，水门使用螺旋丸轰炸黑绝，但黑绝却通过浮游术钻在地底下。
紧接着斑也到达现场。为了取回轮回眼，斑开始再次劝诱带土，此时波风水门进入仙人模式企图使用螺旋丸向斑发起攻击，卡卡西和我爱罗也同时展开行动阻止带土走向斑，斑无视水门的突袭使用六道权杖瞬间打断了水门的手臂，并且无法恢复。随后斑将水门与螺旋丸踢向我爱罗与卡卡西，因此，三人的攻击被斑瞬间化解，卡卡西和我爱罗也因此被打飞。
失去双臂的水门难以再战，不过仍然在一旁支援迈特凯的战斗，在李投出三叉式苦无的瞬间，水门以飞雷神术舍身替阿凯转移斑的阴阳遁术攻击，以使阿凯的攻击奏效。当斑施展无限月读之际，水门对突然发生的异变感到惊讶；而后，水门为了保护鸣人而与其他三位火影一同赶往鸣人所在的地方。为弄清斑的死因，第二代火影打算利用斑的下半身使用秽土转生，以此逼问斑当前的战况，但因活祭品的问题而被初代火影否定，随后四位火影尝试别的办法，当柱间触摸到失败的斑的下半身时，六道仙人留下的查克拉出现，四位火影见到了六道仙人。在大筒木辉夜被封印后，与六道仙人以及其他16位已逝去的五影们共同使出通灵之术，将第七班、九只尾兽以及濒死状态的宇智波斑从始球空间转移回忍者世界。在六道仙人解除秽土转生之际，鸣人连忙赶到水门的面前，水门微笑着向鸣人祝贺“生日快乐”，鸣人流泪着向水门说出了之前没能说出的各种话语，并希望水门能将这些话语传达给母亲。水门说“我一定会传达给她的”，之后水门的灵魂回归净土。