但是，当魏忠贤把这件事和他的亲信王体乾商议的时候，王体乾提醒魏忠贤说："主上凡事愦（ｋｕì）愦，独于夫妇、兄弟间不薄，一不慎，吾辈无遗类矣。"魏忠贤听后也心中暗惊，于是遂将那几个人处死，杀人灭口，化解了此事。后来，张皇后在信王朱由检即位一事上，起了很大的作用。熹宗临死前不久，对张皇后说，魏忠贤告诉我说后宫有二人怀孕了，以后生男就立为皇帝。张皇后表示反对，认为应当早立信王。信王想推辞，皇后自屏风后走出，说："皇叔义不容辞，且事情紧急，恐怕发生变故。"信王才愿意继承皇位。熹宗对于张皇后，始终爱惜。他临死之时，将张皇后托付于弟弟信王朱由检，命曰："中宫配朕七年，常正言匡谏，获益颇多。今后年少寡居，良可怜悯，善事中宫。"此后，思宗对张皇后确亦非常敬重。有一次，思宗的皇后周氏对思宗说周延儒人品如何不行，思宗心中不满后宫议论朝政，问周氏怎么知道，周氏以张皇后对，思宗遂无言。
不过，在遍布魏忠贤和客氏爪牙的后宫中，张皇后还是遭到客、魏二人的暗算。天启三年，张皇后有孕。魏忠贤和客氏密令宫女在为皇后捻腰的时候下重手。一个年方18岁的皇后，哪里明白这些道理。宫女们按魏、客的吩咐，"捶之过猛，竟损元子"。这一事，后来成为杨涟弹劾魏忠贤的第十条罪状。其实，作为皇后，虽然宽容待人，而且正直敢言，但是无法纠正宫中的歪风邪气，不能不说是一种缺憾。清代学者查继佐在《罪惟录》中说，张皇后敢于在当时陈《赵高传》于几案，就说明她的"不慊"的勇气，然而"即以慊风诸妃，万不能实诸妃妊（ｒèｎ），他日称皇太后也，惜也。"谈迁也说，尽管张皇后谦而不妒，使妃子们都能接触到皇帝，但是却不能保全诸妃的生育，以致自己也无法在天启以后做皇太后，真是可叹。这样的批评，应当说是苛求了。在当时的情形下，张皇后能保全自己，已经是她不胆怯的最好结果了。
天启五年八月，熹宗在客氏、魏忠贤的陪同下到西苑游乐，在桥北浅水处大船上饮酒。然后，又与王体乾、魏忠贤及两名亲信小太监去深水处泛小舟荡漾，却被一阵狂风刮翻了小船，差点被淹死。经过这次惊吓，熹宗的身体每况愈下。天启七年夏，病情加剧。八月十一日，召见异母弟信王朱由检，招呼弟弟说："来，吾弟当为尧舜。"次日，召见内阁大臣黄立极，说："昨召见信王，朕心甚悦，体觉稍安。"体觉稍安，只是因为安排了后事，所以放心了许多。10天之后，熹宗就驾崩了。信王朱由检，即后来的明代最后一个皇帝思宗。
朱由检比熹宗朱由校小5岁，受过比朱由校更好的教育。这是因为，朱由检在天启二年（1622）被他的哥哥朱由校封为信王。13岁的信王，年龄也刚好到了接受教育的时候，由进士出身的翰林院官员们悉心。等他18岁的时候，朱由校又替他完婚，聘周奎之女为王妃。从这些事情看来，朱由校本人虽然贪玩，但是对于一个长兄应该做的事情，却一点也没有耽误。所以，朱由检的文化修养比他的哥哥朱由校要高得多。朱由检善书法、诗文，也善于弹琴。朱彝尊说朱由检的书法"龙腾虎跃"，气韵非凡。其次，朱由检少年时期的生活环境要安静得多。
熹宗朱由校因为是皇长孙、皇太子，一直被后宫中的投机分子如李选侍（西李）、魏忠贤等人居为奇货，导引坏了。而朱由检虽然也是从小失去生母，但一直在另一位李选侍（东李）的抚养下，比较健康地成长。东李人品极端正。受东李的影响，朱由检从小就养成了独立奋斗的刚毅性格和良好的生活习惯。在当时，熹宗朱由校无子无女，孑然一身，而兄弟七人也只剩下五弟一人，朱由检已经是朱由校惟一的继承人了。在朝臣们心中，期盼信王朱由检继位的愿望也早就有了。一些在野的大臣们闲聊的时候，都主张劝信王早日出阁讲学。出阁讲学，一般是皇太子的礼节。当然，这样的奏疏，是谁都不敢上奏的，因为这无异于诅咒熹宗早死无后。但是，在信王朱由检那里，却是一种韬光养晦的气象。信王朱由检基本上托病不愿上朝，以避免遭到魏忠贤的猜忌。
天启七年（1627）八月十二日，熹宗让信王入继大统的决心已定，而留给信王的嘱咐是两点：一，善事中宫；二，重用忠贤。也许，熹宗压根就想不到，侍奉他小心谨慎的魏忠贤并不会同样如此侍候信王朱由检的。熹宗弥留的最后几天，魏忠贤一直在苦思良策以应对将来可能发生的事情。他想居摄，但是内阁大学士施凤来却说："居摄远不可考，且学他不得。"他想搞宫廷政变，但是兵部尚书崔呈秀却说："恐外有义兵。"在明代的政治环境中，异姓称帝的可能性根本就不存在。所以，熹宗死的第二天，魏忠贤无可奈何之下，向外公布了张皇后的懿旨："召信王入继大统。"此后的数月中，在魏忠贤与新即位的朱德陵由检之间，将进行着一场殊死的较量。清除前朝的宠臣，似乎是明代政治发展的一种规律，在崇祯一朝也同样会发生作用。
天启七年（1627）八月二十二日熹宗的去世，标志着明代一个黑暗时代的结束。清代学者谈迁在其《国榷》中说，天启一朝，与正德一朝极相似。熹宗"好猎乐内，嫉谏悦■，无一不同"。以此看来，天启一朝，魏忠贤诚然罪过极大，大臣更显无耻，然而作为最高统治者，熹宗亦难辞其咎，不能不为这一时代的黑暗承担责任。
思宗可能是明代皇帝中性格最为复杂的一个。正如一位学者所言，在思宗身上，机智和愚蠢，胆略与刚愎，高招与昏招，兼而有之。当然，复杂性格的背后，是复杂的政治形势。农民思宗御押
起义、后金军队的入侵、灾荒、大臣之间的党同伐异，都是让思宗头痛的难题。处理这样的难题，成功或者失误都属于正常。在史学界，有一种所谓"17世纪危机"的理论，即认为17世纪中叶全球气候变冷，导致处于温带的中国北方庄稼生长和收获期明显缩短，并进而引发饥荒和瘟疫，以及长江中下游稻米高产区因过度追求货币的增值而导致粮食匮乏，动摇了明王朝的社会与经济基础结构。清兵的入关与清朝的建立，才引导着中国从危机中走了出来。这样的理论，似乎也可以为思宗这个亡国之君开脱了。
孟森说："思宗而在万历以前，非亡国之君；在天启之后，则必亡而已矣！"思宗死的时候，也是这样自解的。此后，历史学家对于思宗普遍抱有同情，以为崇祯帝的一生实是"不是亡国之君的亡国悲剧"。然而，人才何代无之？要在知人善任罢了。然而崇祯一朝"有君而无臣"。思宗既想有心为治，却不识用人之道，以致酿成亡国悲剧，未必无过。而且，孟森也说思宗"苛察自用，无知人之明"、"不知恤民"。因此，一方面，一个勤政、自律、立志有为的皇帝无奈成为亡国之君，固然使人同情；然而，另一方面，思宗用人之拙、疑心之重、驭下之严，却正是加速了明王朝覆亡的催化剂。
"神明自运"四字，是明末清初松江（今上海市）名士夏允彝对思宗除去太监魏忠贤一事的评价。稍后的历史学家如谈迁等人，对于思宗在除魏忠贤一事上所表现出来的稳重、魄力，都叹赏不已。的确，在天启末年和崇祯初年，思宗的政治才能曾昙花一现般绚丽夺目。他在接替自己的长兄朱由校的皇位之后，很快进入角色，并顺利排除一切影响他皇位和执政的因素。在明代历史中，思宗干得最漂亮的一件事，无疑是在不动声色中除去了权倾朝野的魏忠贤。天启七年（1627）八月二十四日，天启皇帝死后的第三天，朱由检正式即皇帝位，定次思宗手书"九思"
年改元崇祯。当时，魏忠贤以司礼监秉笔太监提督东厂。魏忠贤的亲信田尔耕为锦衣卫提督；崔呈秀为兵部尚书。朝廷内外自内阁、六部乃至四方总督、巡抚，遍布魏忠贤的死党。魏忠贤不敢公然加害思宗，只是因为明代皇权的权威而不敢轻举妄动，但是，暗中的毒害还是有可能的。