麦哲伦和他的船队
这时，麦哲伦撕去了温情脉脉的面纱。同年4月27日，他率领西班牙人和接受天主教的当地居民对麦克坦岛发起进攻。在拉普拉普及部下的英勇抵抗下，麦哲伦的进攻失败了，他本人也在这场战役中丧了命。受拉普拉普影响，宿务另一位酋长拉贾胡马旁也起了反抗之心。他假意和西班牙人周旋，利用共进晚餐的时机骤然发难，杀死27名西班牙人。面对愈演愈烈的反对声势，余下的西班牙人仓促起航，返回西班牙。
1542年，在数次远征菲律宾失败后，西班牙人重整旗鼓，以鲁伊维拉洛博斯为领队，带领军士占领部分菲律宾领土，并将这片土地正式命名为“菲律宾群岛”。此后直到16世纪末期，西班牙多次发动对菲律宾的战争，利用先进武器加上威逼利诱，最终征服了除棉兰老岛和苏禄群岛之外的菲律宾群岛，开始了殖民统治。
由于西班牙和菲律宾距离遥远，西班牙王通过当时的墨西哥副王对菲律宾进行控制。统治者打破村落、部落的界限，将临近村落连成领地，划分为城镇、省等行政区域，通过总督府进行集中统治。总督由西班牙国王亲自委任，兼具行政权力和宗教权力，通过聚敛土地、控制商船贸易等方式敛财。在西班牙统治者的控制下，菲律宾本土居民的社会地位极其低下，他们多次爆发武装起义，开始了漫长的反西班牙斗争。
美国殖民统治时期
19世纪末，美国和西班牙爆发了战争。来势凶猛的美军让西班牙自顾不暇，放松了对菲律宾武装力量的压制，长期处于劣势的菲律宾独立革命终于出现了转机。1898年，西班牙舰队在马尼拉湾被美军重创。美国假托支持菲律宾民族独立运动，换来菲律宾武装力量的支持。1897年8月，美军与菲律宾军队联合，发动著名的马尼拉战役。里应外合之下，统治菲律宾群岛长达300多年的西班牙殖民者退出了历史舞台。
可是，还没等菲律宾人民庆祝胜利，美国人抢先占领马尼拉城，摆出统治者的态势，禁止菲律宾军队踏入城门。随后，同年9月，美国和西班牙在巴黎进行和谈，无视菲律宾人民的主权，公然将菲律宾划为美国殖民地。美国出尔反尔的行径激起菲律宾人民的强烈抵抗，1899年2月，长达两年的菲律宾抗美战争拉开了帷幕。由于装备落后，菲律宾军队节节败退，最终沦为美国殖民地。
这是一座建于18世纪90年代的神学院，被誉为“菲律宾的历史地标”，也是菲律宾仅剩的西班牙神学院。
和西班牙殖民者采取的暴力统治手法不同，美国殖民者宣扬民主，实行免税贸易，试图将菲律宾变成美国本土的原料供应厂。极少数菲律宾贵族及高级官员被美国起初的温情政策同化，但大多数民族主义者并不领情，积极宣传反帝国主义和反封建主义的主张，在布拉干、八打雁等省份与美队打游击战，反对以教皇为尊的“菲律宾独立教会”。暴动有增无减，迫使美国统治者撕去温情面纱，大批逮捕并处死反抗者，还对相关出版物、戏剧进行查禁和销毁。
美国统治者将基督教设为主要宗教，对非基督教人民实行歧视压迫政策。历史悠久、以伊斯兰教为主要信仰的苏禄王国首当其冲。一方面，美国统治者通过废除奴隶制、试行非伊斯兰教课、推行新法律体系等手段对伊斯兰教民进行精神瓦解。另一方面，美国统治者又采用武装压制和扶持伊斯兰教领袖等措施，逐渐渗透到伊斯兰教统治阶层，最终和苏禄国王签订了和平条约。
1901年到1935年间，美国统治者对菲律宾展开“自治训练”。期间，菲律宾政府的最高行政长官为总督，下面设有各种部。和西班牙统治者采取的手段类似，总督和部长都由美国总统直接任命，均为美国人。为昭显统治的“民主特色”，美国殖民者将“菲律宾委员会”定位为立法机构，相当于美国的参议院。又通过民主选举成立“菲律宾会议”，相当于美国的众议院。不过，委员会成员必须由美国总统任命，总督对这两个组织持有绝对的否决权。
为从根本上镇压下菲律宾人民的反美情绪，美国对“菲律宾会议”和“菲律宾委员会”在可控制的情况下逐渐放权。这些举措包括允许两名菲律宾籍的委员参与美国国会、任命菲律宾人担任政府高级职务、不断增加委员会中的菲律宾代表等等。但是，立法机构的批准和否决权仍然掌握在总督手中，教育部长也始终由美国人担任。这表示美国从未真正放权于菲律宾，种种民主举措不过是同化菲律宾人民的温情手段。
无可否认，美国的殖民统治对菲律宾群岛有着积极影响：农业有了较大进步，制造业、现代工业技术及交通运输行业飞速发展，电话、汽车等现代化产品进入菲律宾人民的生活，穷人接受教育的机会增多等等。同时，美国带来的负面影响也不容忽略。在美国的柔性和刚性压制下，菲律宾民族工业落后，经济上十分依赖美国，社会文化处处打上西方烙印，传统文化严重没落，很多风俗逐渐消失。
马尼拉西班牙堡垒遗址
自治与共和国
一直以来，菲律宾政治家们都通过各种和平手段表达着独立诉求。出于舆论影响，1916年8月，美国总统通过了琼斯法案即菲律宾自治法，承诺一旦菲律宾人建立起稳定政府，就允许菲律宾独立。此后的国际形势风云变幻，菲律宾几经沉浮，艰难跋涉在通往独立的道路上。
自治时期
琼斯法案的通过，标志着菲律宾人民在争取自由的道路上迈进了一大步。但是，美国共和党多方阻挠，加上行政大权仍然掌握在总督手中，琼斯法案始终是纸上谈兵。
奎松总统与妻子的合影
20世纪30年代，世界经济进入大萧条时期。大发战争财的美国首当其冲，经济危机迅速席卷全国。一方面是无数失业者流离失所，另一方面是生活必需品严重过剩。为保护本国产业，防止价格低廉的菲律宾产品冲击国内市场，美国糖业、牛奶业等部门联合向国会提出让菲律宾独立的提议。迫于形势，1933年1月，美国国会通过了菲律宾独立法案。但是，法案中对菲律宾贸易和移民的条款过于严苛，引起菲律宾国会的强烈不满，他们拒绝该法案的实施。
在联合党代表人奎松的多方斡旋下，美国国会在同年10月通过泰丁斯一麦克杜菲法案，作为菲律宾独立法案的修正案。修正案中指出，菲律宾独立之前，需要有10年的过渡期，在过渡期内可以成立自治政府。自治政府的相关法律可以由菲律宾国会制定，但必须经过美国总统批准。修正案推出后，美国政府表面放权、实则控制的态度惹恼了菲律宾人民。菲律宾各界人士强烈要求越过自治，完全独立，大型农民暴动“萨达克党人”起义就此爆发。这一次，美国殖民者没有再让步，他们采用暴力手段镇压了起义，迫使菲律宾人接受自治的现实。
奎松总统是美治时期菲律宾出名的领袖，深受人民的爱戴。
1935年9月7日，菲律宾举行了第一次国民选举，奎松当选为自治政府总统。同年11月15日，奎松举行了就职仪式，宣告菲律宾自治政府的正式成立。奎松上台后，大刀阔斧地采取一系列措施治理美国统治造成的弊端。政府体制上，他大胆改组，设立了许多新的机构和职位，成立独立司法部，将所有法院菲律宾化。同时，他给予妇女投票权，鼓励妇女参政，提高了女性地位。文化教育上，他将他加禄语定为菲律宾国语，培育传统道德和文化精神，减弱“放荡的夜总会、奢侈的汽车、爵士乐和实利主义对人民灵魂的侵蚀”，力求10年后实现真正的精神独立。1939年，在菲律宾第二次国民选举中，奎松再次当选总统。
名实不符的“共和国”
第二次世界大战中，日本侵略者在占领中国华南地区后，又盯上了占据东南亚重要战略地位的菲律宾。1941年12月9日凌晨，日军对美国驻菲律宾的海陆空基地进行猛烈轰炸，踏上北吕宋的土地。12月11日，日军又对马尼拉展开炸弹攻势。1942年1月2日，日军占领了马尼拉。
在日军的强大攻势下，美军菲军终告不敌。时任美军司令的麦克阿瑟逃往澳大利亚，总统奎松被迫流亡美国，组织流亡政府继续为独立努力。各地菲律宾人民利用深山密林的地理环境，和日军展开艰苦卓绝的抗争。为拉拢人心，日本天皇宣布菲律宾独立。1943年10月，日政府任命何塞劳雷尔就任菲律宾共和国伪总统，对菲律宾实行幕后军事管制。
1944年8月，奎松总统怀着未实现的独立梦想埋骨美国，奥斯敏纳继任菲律宾总统。1945年7月5日，麦克阿瑟携奥斯敏纳率领15万舰队解放了菲律宾。历史惊人地相似，美国当局再次上演出尔反尔的戏码，麦克阿瑟随即调转枪口屠杀起菲律宾人民抗日军。菲律宾政权又一次成为美国的傀儡。
总统制国家进程
第二次世界大战结束后，美国和菲律宾一些资产阶级为了共同利益，试图延缓菲律宾的独立。在菲律宾各界人士的抗议下，美国不得不按期履行独立约定。1946年7月4日，菲律宾共和国正式宣告成立。
民族复兴历程
1946年4月23日，菲律宾自治政府举行了最后一次选举。美国政府扶持的自由党代表人罗哈斯及季里诺分别当选总统和副总统，结束了自治政府时期的一党执政，开启了长达26年的国民党和自由党交替执政时期。不过，无论是国民党还是自由党执政，民族复兴都成为菲律宾共和国的首要任务。
战后的菲律宾百业萧条，财政赤字严重。美国向菲律宾支付了一定的战争赔偿金和多达34亿美元的经济援助。罗哈斯和美国签订了一系列有利于美国的贸易条约，在借助美国恢复经济的同时，把菲律宾经济命脉送到美国手中。
菲律宾前总统马科斯访问美国
菲律宾其他政党对罗哈斯的做法十分不满，加上罗哈斯对胡克游击队的镇压，菲律宾直接将胡克游击队改组为菲律宾人民解放军，用武装斗争反对罗哈斯的亲美做法。在美国支持下，其后几任总统都偏重美国利益，导致菲律宾财政危机越演越烈。
1957年，总统麦格赛赛意外身亡。继任的副总统加西亚开始采取对菲律宾有利的财政措施，大力推行“菲律宾人第一”的施政纲领，促进民族全面复兴。由于加西亚的政见与美国政府相左，1961年大选中，美国政府扶持马卡帕加尔当选。
让美国政府意外的是，马卡帕加尔采取了更为细致果断的措施，淡化美国影响，提高了菲律宾国际地位，进一步促进国家民族主义精神复活。他还将菲律宾独立纪念日改为6月12日，不再与美国独立日相同。
马科斯独裁统治
1965年11月，亲美派费迪南德马科斯当选为总统。起初，马科斯在整顿政府机构、经济秩序、外交等方面颇有建树，政绩显著。经过审时度势，马科斯继续提出“菲律宾第一”的口号，积极参与建立东南亚国家联盟，提高了菲律宾的国际地位。
1969年，马科斯再次当选总统。经过一系列改革，菲律宾经济得到很大改善。但是，随着反对美国干预菲律宾政治经济的声浪进一步加大，菲律宾本国政党也因种种原因开始内斗，社会呈现动荡状态。1971年下半年，马尼拉不断发生的炸弹事件为马科斯镇压菲共提供了借口。他调集军队，实行全事管制，禁止一切政党活动，大肆逮捕政敌和媒体人。1976年，马科斯成立临时国民议会，独揽军政大权，开始了独裁统治。
日益稳定的总统制
1983年8月21日，马科斯主要政治对手、菲律宾反对党领袖贝尼格诺阿基诺返回马尼拉。还没等走下飞机舷梯，他就受到暗杀当场毙命。这一事件的影响极大，菲律宾全国各地掀起规模浩大的反马科斯浪潮。美国迫于形势，不得不疏远马科斯，催逼他举行总统大选。
1986年2月16日，马科斯手下的国民议会颠倒选举结果，宣布马科斯获胜。政府的公然舞弊行为激怒了全国人民。2月22日，菲律宾国防部长恩里莱和参谋长拉莫斯将军发动政变，支持阿基诺夫人。2月25日，大势已去的马科斯出逃国外，阿基诺夫人就任总统，成为菲律宾共和国第一位女总统。
此后，阿基诺政府团结各方政治力量，真正使菲律宾共和国成为总统制民主国家。经过之后历任总统的努力，菲律宾政治、经济局势越来越稳定，民族文明得到全面复兴，发展成为富饶、民主、美丽的海上岛国。
马尼拉市政厅钟楼：，，