銀河からオーロラが、死鐘を鳴らす新たな物語が始まる。
来自银河的极光，推动死之钟声，崭新的篇章，就此揭开。
全身闪耀着紫色闪电的男人，究竟是谁，他又为何要帮助柯南逮捕龙舌兰
但无论如何，逮捕眼前的龙舌兰，才是最重要的！
唯一看透了真相的，是一个从未来回到过去，但外表看似小孩，智慧却过于常人的，名侦探柯南！
......
在毛利小五郎和自已的努力下，很快找到了广田健三，并让宫野明美与广田健三碰面，然而当天晚上，广田健三就被广田明杀害，而随后广田明也在酒店里，被宫野明美杀害。
紧接着，宫野明美便来到码头，与琴酒、伏特加对峙，追踪宫野明美的我和小兰也来到码头，但慢了一步。
琴酒认为，宫野明美的妹妹宫野志保，是组织内少有的头脑顶尖的人，是组织中的红人，不能允许她脱离组织。
宫野明美立刻意识到自己被组织欺骗，她试图举枪反抗，却被琴酒率先开枪击中腹部。
本想开第二枪的琴酒与伏特加，在听到我和小兰来的车声后，因为宫野明美根本不知道组织的事情，琴酒与伏特加便放弃了补刀，并迅速离开，而自己则稍迟一步赶到了现场，找到了宫野明美。
我向奄奄一息的宫野明美坦白了自己的真实身份是工藤新一，而宫野明美也告知了柯南组织的事情。
“那是个被层层谜团包围的巨大组织……组织的成员都穿着黑色衣服，像一群乌鸦一样……”），
说着，宫野明美说出了最后一句话，她恳求我先黑衣组织一步，取走存放在酒店柜台的十亿日元，这使警方最终以畏罪自杀结案。
而之后我从灰原哀口中得知了广田雅美的真名，是宫野明美。
后来我、灰原哀协同阿笠博士来到她们的父亲的故人出岛壮平的设计事务所，打听宫野夫妇俩以及组织的情报。
而在与设计师们交谈时得知宫野夫妇俩在世时，有一次曾带尚年幼的宫野明美来到设计事务所，当时明美恶作剧地把设计师们的工具藏起来，使设计师们束手无策。
继续交谈时，却意外得知宫野明美曾在银行抢劫案发生前来到设计事务所“借用”厕所并要求保密，承诺一周之后会带着妹妹再来一趟，然而宫野明美最终被组织杀害，没有赴约。
而此后事务所被两度“闯空门”。
我最终还是在厕所中找到了宫野明美巧妙隐藏的东西，是预感到死期将近的母亲艾莲娜专门留给宫野志保的120岁的留言磁带，并转交给了灰原哀。
所以，柯南觉得宫野明美必须救，除去只有宫野明美活着，灰原哀才能做出永久性的解药的原因，剩下的，是柯南不想再让灰原哀孤身一人。
而要想救宫野明美，现在就是最好的机会，想到这里，柯南便拿出了一粒持续6小时的解药，吃下喝水，几分钟后......
和毛利小五郎谈好委托的报酬和事件后，宫野明美便走出事务所，准备打车离开时，一个将身体包裹在白袍里的高中生忽然向她靠近。