“看来是这样的，出来吧火恐龙”小智这时派出了火恐龙，借火恐龙尾巴的火焰使四周明亮了起来。
“那…那些是什么啊”瑟蕾娜看到黑暗中出现了好多红色光芒，在阴森森的洞窟里显得格外的吓人，她害怕的躲在小智背后。
“大嘴蝠出来吧，使用闪光”小智让大嘴蝠出来并使用闪光，大嘴蝠使用闪光后，洞窟一下子明亮了起来，“原来是菊石兽、多次菊石兽、化石盔和镰刀盔，据说是几万年前就绝种的神奇宝贝，化石盔和镰刀盔是岩石＋水，菊石兽和多刺菊石兽是岩石＋水，小刚你可以捉一只化石盔或者镰刀盔，小霞你可以都捉一只，瑟蕾娜也可以捉一只培养看看”小智看清后说道，不过在他看来这不是很好的事情。
“它们好像不太友好，它们的眼中都充满了血丝，难道是因为我们把他们吵醒的”小霞这时发现问题后说道，而且有点怕怕的感觉，毕竟远古的化石神奇宝贝的凶性还是存在的。
“不错，但是我有办法让他们继续睡，在这之前我要做好防御准备，因为我要的那只待会有可能要过来，出来吧全体成员，准备战斗”小智放出了妙蛙种子和杰尼龟
.“为什么每次出来都是不好的情景”杰尼龟吐槽道，他们一起出来不是训练就是打架。
“我们也来帮忙吧，出来吧大岩蛇”“海星星”“焰耳狐”小霞他们决定为小智分担。
“不用你们帮忙，那只我一个人就可以了，这些的话待会继续让他们睡觉，到时候你们直接收服，并帮我收服一只菊石兽和化石盔，我把那只引出去，你们收服后出去把洞口封闭起来”小智决定单独对付那只霸主。
“吼~~”一声巨大的吼声传来，一个黑影飞了过来，落来一颗石头上，所有的化石神奇宝贝看到它后都开始颤抖，然后全部退去。
“是化石翼龙，也是绝种的神奇宝贝，我的主要目标就是他，比比鸟上将化石翼龙引出去，其他的跟上，巴大蝴你留在这里使用睡眠粉让他们睡着后再出来”看到化石翼龙，这家伙不愧是几万前的霸主，还是那么有威慑力。由于化石翼龙一下子没有反应过来，被比比鸟的翅膀攻击几中，中了一击后，化石翼龙很恼火，开始和比比鸟决斗，比比鸟顺利的把化石翼龙引了出去
“比比鸟使用影子分身，空气利刃，破空斩轮流攻击，皮卡丘，妙蛙种子，杰尼龟，火恐龙使用远程攻击协助”化石翼龙使用岩石利刃对付地面攻击的，都被比比鸟的空气利刃抵消，使得化石翼龙很愤怒使用破坏死光攻击比比鸟。
“好机会，大家使用最强一招攻击化石翼龙翅膀”乘着对方要僵硬一会儿，小智命令大家用绝招攻击化石翼龙的翅膀，化石翼龙翅膀受伤一个不稳掉了下来。
“乘胜追击，皮卡丘使用伏特攻击解决他”皮卡丘用电光一闪加速跑向掉下来的化石翼龙，一跃抓住了化石翼龙，使出了伏特攻击。
“呜~”由于化石翼龙才苏醒身体灵活不够，被电的失去了战斗能力，小智马上将化石翼龙收服传了回去。
小智叫小刚帮忙给比比鸟看看，安排其它神奇宝贝注意警戒，自己一个人带着皮卡丘再次进去地底（辛好还没封印）。在最深处看到了一个石像，它一个爪子抓住一个蛋，另一个抓住一个石头。小智和皮卡丘分别取下两样东西就离开了。
“这不是喷火龙的mega进化石吗？不过它为什么会出现在这里，这是偶然还是人为”带着一阵疑问，小智转身回去了。
他们离开后，大傻谷就被围了起来，禁止他人进去。在走到没有人的地方“小霞给你”小智把波克比的蛋给了小霞。
“小智，这是”小霞对此不解。
“这是在大傻谷里捡到的，是波克比的蛋”小智把蛋递给小霞后继续说。
“波克比？为什么给我，而不是给瑟蕾娜”小霞好奇的问，而且她从来都没有听说过波克比呢。
“因为它不适合瑟蕾娜，下次我在找个适合的给她”小智觉得还是按原著那样给小霞，所以撒了个小谎。
小霞也着急波克比到底是怎样的神奇宝贝，路上不断向小刚请教孵化的技巧和方式。
而在大木研究所则是一阵手忙脚乱，辛亏有小智的五员老将在，否则研究所都会被拆了，因为小智不仅把化石翼龙传送过来，还把大家抓到的菊石兽和化石盔一起传送过来，让大木博士帮助他们尽快恢复身体健康。